Lirfuas Rodesh Yehudis bas Breindel Gittel bisoch שח"י

Lizchus my beloved friend Moshe Yehuda ben Pesha Dina 

The Medrash says: 

ילמדנו רבינו אם היתה אשתו מעוברת מהו שיתפלל יה"ר שתלד אשתי זכר, כך שנו רבותינו היתה אשתו מעוברת ואמר יה"ר שתלד אשתי זכר הרי זו תפלת שוא, ר"ה בשם רבי יוסי אומר אף על פי ששנינו היתה אשתו מעוברת ואמר יה"ר שתלד אשתי זכר הרי זו תפלת שוא אינו כן אלא אפילו עד שעה שתשב על המשבר יתפלל שתלד זכר לפי שאין קשה לפני הקדוש ברוך הוא לעשות את הנקבות זכרים ואת הזכרים נקבות, וכן מפורש ע"י ירמיה (ירמיה יח) וארד בית היוצר והנהו עושה מלאכה על האבנים ונשחת הכלי אשר הוא עושה וגו' ושב ויעשהו כלי אחר כאשר ישר בעיני היוצר לעשות, מה הקדוש ברוך הוא אומר לירמיה הכיוצר הזה לא אוכל לעשות לכם בית ישראל נאם ה', וכן אתה מוצא בלאה אחר שילדה ששה בנים והיתה רואה בנבואה שי"ב שבטים עתידין לעמוד מיעקב וכבר ילדה ששה ונתעברה מן השביעי ומן שתי שפחות שנים שנים הרי עשרה, עמדה לאה והיתה מתרעמת לפני הקדוש ברוך הוא ואמרה רבש"ע י"ב שבטים עתידין לעמוד מיעקב הרי כבר בידי ששה ומעוברת משביעי וביד השפחות שנים שנים הרי עשרה אם זה זכר לא תהא רחל אחותי כאחת מן השפחות, מיד שמע הקדוש ברוך הוא תפלתה ונהפך העובר שבמעיה לנקבה שנאמר ואחר ילדה בת ותקרא שמה דינה ואחרת אין כתיב כאן אלא ואחר, ולמה קראה לאה דינה לפי שעמדה לאה הצדקת בדין לפני הקדוש ברוך הוא, אמר לה הקדוש ברוך הוא את רחמנית ואף אני מרחם עליה מיד ויזכור אלהים את רחל. 

[מדרש תנחומא (ורשא) פרשת ויצא]

This Medrash is a SHOCKER! You can daven while a women is pregnant for the gender of the baby. You would think that it is a done deal and too little too late - but no. Even then tefilla can effect a change. We even have a precedent that Leah davened that she should have a girl so that Rochel would have 2 boys and equal the שפחות. As a result, Dinah was changed from being a boy [Danny?]. 

The MISHNA however says otherwise: 

היתה אשתו מעברת, ואמר, יהי רצון שתלד אשתי זכר, הרי זו תפילת שוא.

Davening that your pregnant wife should have a boy is a tefilla in vain. How can a later Medrash argue with an explicit Mishna??

Rav Yisachar Temer author of the famous Alei Temer on the Yerushalmi  [his personal library is located in Yeshivat Har Etzion - coool] wrote:

 עיין בע"י שם וז"ל ר"ה בשם ר"י אומר אעפ"י ששנינו היתה אשתו מעוברת ואמר יה"ר שתלד זכר הר"ז תפלת שוא "אינו כן" אלא אפילו עד שעה שתשב על המשבר יתפלל שתלד זכר, לפי שאין קשה לפני הקדוש ברוך הוא לעשות את הנקבות זכרים ואת הזכרים נקבות וכו'. ואין לתמוה שאיך אפשר לחלוק על סתמא דמתניתין מפני שמסורה זו שעיקר עיבור של דינה זכר היה ונהפכה לנקבה בשעת לידה מדרש תנאים קדמון היה והרי הוא פלוגתא דתנאי. ועיין בפירוש בעהתוס' דמדכתיב ואחר ילדה בת דרשו שבשעת לידה היתה עיין שם, ובזה ניחא דעת ריב"פ שסובר שאפילו היא כבר יושבת על המשבר יכול לההפך לצורה אחרת והוא בוודאי חולק על המשנה. ועיין במאה"פ מה שנדחק בזה אולם לפי האמור יש בזה מחלוקת התנאים. [עלי תמר ברכות פרק ט'] 

He answers that the story of Leah's fetus miraculously changing genders is a tradition already chronicled in a Medrash from the period of the Tannaim, so it is not a wonder how an Amora can maintain such a view.   

In fact, Rav Temer would have been very pleased to discover that Rav Eliyahu Mizrachi already noted the contradiction and resolved it in the same way:

אבל ההיא דתנחומא (תנחומא ויצא אות ח) ד"רב הונא בשם רבי יוסי אמר: אף על פי כן אם היתה אשתו מעוברת ואמר: יהי רצון שתלד אשתי זכר, אין זו תפלת שוא, אלא אפילו עד שעה שתשב האשה על המשבר יתפלל אדם שתלד אשתו זכר, לפי שאינו קשה לפני ה' לעשות הנקבה זכר ואת הזכר נקבה, וכן הוא מפורש על ידי ירמיהו (ירמיהו יח, ב - ד) וכן אתה מוצא בלאה" ודאי פליגא אמתניתא דפרק הרואה, ולפיכך צריך לומר דרב הונא בשם רבי יוסי ברייתא אשכח ודרש כותיה. 

[פירוש הרא"ם פרשת ויצא פרק ל']